METODE PENENTUAN SEROTIPE PNEUMOKOKUS BERBASIS SEKUENS DNA YANG DITARGETKAN CRISPR-CAS9

Paten

METODE PENENTUAN SEROTIPE PNEUMOKOKUS BERBASIS SEKUENS DNA YANG DITARGETKAN CRISPR-CAS9

Invensi ini menyediakan metode penentuan serotipe baru untukStreptococcus pneumoniae (Pneumokokus) menggunakan Cas9 Targeted Sequencing. DNA Pneumokokus diekstraksi menggunakan kit Qiagen. Untuk desain probe crRNA digunakan web CHOPCHOP. Persiapan sequencing menggunakan Cas9 Sequencing Kit dan mengikuti pengayaan gDNA-Cas9 sequencing Ligasi. Elektroforesis gel dilakukan untuk memvalidasi keberhasilan pemotongan oleh Cas9. Validasi hasil sekuensing dilakukan dengan memetakan sekuen-sekuen ke serotipe tertentu. Untuk analisis bioinformatika, kami menggunakan program pipeline khusus yang terdiri dari flye dan Pneumokity. Sebanyak empat probe cas9 telah dirancang pada posisi lokus cps S. pneumoniae. Efektivitas probe diuji pada 15 sampel dan menunjukkan akurasi dalam memotong lokus cps. Berdasarkan hasil penentuan serotipe diperoleh hasil valid antara metode sekuensing target Cas9 (ONT) dan data genom dari metode Illumina. Metode sekuensing yang ditargetkan Cas9 berpotensi untuk dikembangkan sebagai metode penentuan serotipe Pneumokokus.

P00202311455

31 Oktober 2023

2023

2023-1696225042-zsl2


-

Pusat Riset Biologi Molekuler Eijkman

dodi004@brin.go.id

Badan Riset dan Inovasi Nasional

Paten Biasa

Bioteknologi

1

Int.Cl./undefined

0

-

  • Dodi Safari
    ( Pusat Riset Biologi Molekuler Eijkman )
  • Yustinus Maladan
    ( Pusat Riset Biologi Molekuler Eijkman )
Kembali