INNAlysis: Platform Analysis Data Sekuen Pada Indonesia Nucleotide Archive (INNA) Versi 1.0

Hak Cipta

INNAlysis: Platform Analysis Data Sekuen Pada Indonesia Nucleotide Archive (INNA) Versi 1.0

Platform Analisis Data Sekuen INNAlysis adalah bagian dari Repository INNA yang berfungsi untuk mengakomodasi kebutuhan periset non-komputasi dalam melakukan analisis terhadap data sekuen. Analisis data sekuen biasanya memiliki kendala terkait kebutuhan resource komputasi yang besar, sejumlah tools dengan spesialisasi tertentu yang harus dihubungkan antara satu sama lain, dan user yang harus familiar dengan environment berbasis command-line. Platform ini dapat mengatasi kendala-kendala tersebut dengan menyediakan resource sesuai kebutuhan, kemudahan dalam membuat workflow, serta platform yang berbasis GUI. INNAlysis terdiri dari dua komponen utama : 1). Galaxy Server. Tools open source yang memiliki kapabilitas untuk membuat workflow analisis secara drag-and-drop. Periset dapat memilih tools dan membuat interkoneksi tanpa perlu memikirkan transformasi data antar tools yang dihubungkan. Workflow yang telah dibuat juga dapat diakses oleh periset lain untuk digunakan sebagai template. Untuk mengakomodasi kebutuhan periset yang semakin besar di kemudian hari, Galaxy juga dapat dibangun di atas cluster dengan bantuan job scheduler seperti Slurm. Untuk saat ini Galaxy masih dideploy dalam satu node. 2). API. Web service yang berfungsi untuk mengintegrasikan repository INNA dengan Galaxy. Tujuannya adalah untuk memfasilitasi user repository dengan analisis bioinformatika dasar untuk data yang mereka upload ke dalam repository

2023-1699599374-bz8l

NOMOR B-8452/III.6.5/TK.11.03/10/2023


( Lihat )

Pusat Riset Komputasi

ihsa003@brin.go.id

Badan Riset dan Inovasi Nasional

SF - Perangkat Lunak

Bogor

15 Desember 2023

EC002023131560

13 Desember 2023

13 Desember 2023

000564514

  • Ihsan Nugraha
    ( Pusat Riset Komputasi )
  • Rifki Sadikin
    ( Pusat Riset Komputasi )
  • Imam Civi Cartealy
    ( Pusat Riset Komputasi )
  • Sahid Bismantoko
    ( Pusat Riset Komputasi )
  • Stevry Yushady CH Bissa
    ( Pusat Riset Komputasi )
  • Syam Budi Iryanto
    ( Pusat Riset Komputasi )
Kembali